PB Sveti Ivan je bolnica paviljonskog tipa i u 10 samostojećih objekata smješteno je sljedećih 10 odjela:
- Akutni ženski odjel – Odjel I.
- Akutni muški odjel – Odjel II.
- Kronični ženski odjel – Odjel III. i Odjel III. a
- Odjel za alkoholizam i druge ovisnosti s Dnevnom bolnicom za alkoholizam – Odjel IV.
- Odjel za biološko, psihoterapijsko i socioterapijsko liječenje psihotičnih poremećaja i graničnih stanja – Odjel V.
- Kronični muški odjel – Odjel VI.
- Odjel za okupacijsku terapiju, psihosocijalni rad te liječenje i resocijalizaciju u zajednici – Odjel VII.
- Odjel za biološko i socioterapijsko liječenje neurotskih poremećaja i poremećaja ličnosti i ponašanja te reakcija na stres – Odjel VIII.
- Dnevna bolnica za neuroze, granična stanja i psihoze
- Odjel za psihoterapijsko i socioterapijsko liječenje depresivnih, neurotskih, psihosomatskih i uz stres vezanih poremećaja te psihotičnih i poremećaja hranjenja – Odjel X.
Radi cjelovitosti dijagnostičkog postupka u Bolnici postoje i Specijalističko-konzilijarna i Prijamna služba, Neurološka specijalističko–konzilijarna djelatnost s neurofiziološkom i ultrazvučnom dijagnostikom, Medicinsko–biokemijski laboratorij, Internistički dijagnostičko-lječidbeni tim, Rendgenska dijagnostika i Bolnička ljekarna.
- Hospitalna dijagnostika i liječenje psihičkih poremećaja (shizofrenih, afektivnih, neurotskih, poremećaja ličnosti te ovisnosti o alkoholu i drogama).
- Ambulantna dijagnostika i liječenje prethodno navedenih psihičkih poremećaja odnosno polikliničko–konzilijarna zaštita.
- Liječenje bolesnika u heteroobiteljima.
- Savjetovalište za pacijente i obitelji.
- Epidemiološka istraživanja.
- Dodiplomska edukacija.